La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna purta denumirea de Valea Satului, făcea parte din plasa Fundul a județului Vaslui și era formată din satele Grajdurile, Valea Satului, Ciocârlești și Cărbunari, plus micile așezări Golia, Cocordel și Lunca, având în total 1072 de locuitori. În comună existau o moară de vânt, o școală și o biserică. Anuarul Socec din 1925 consemnează comuna în plasa Codăești a aceluiași județ, având 1672 de locuitori în satele Cărbunari, Ciocârlești, Cocordel, Grajduri, Lingurari, Sperieți și Valea Satului, reședința comunei fiind satul Grajduri.
În 1950, comuna a fost transferată raionului Negrești din regiunea Iași iar în 1964, satul Sperieți a primit denumirea de Poienile. În 1968, a trecut la județul Iași, având alcătuirea actuală.
Patru obiective din comuna Grajduri sunt incluse în lista monumentelor istorice din județul Iași ca monumente de interes local. Unul este un sit arheologic, aflat la „Cetate”, în marginea de nord-vest a satului Poiana cu Cetate, unde s-au găsit urme de așezări din eneolitic (cultura Cucuteni, faza A) și din perioada Latène. Celelalte trei sunt clasificate ca monumente de arhitectură: ruinele schitului din „Poiana cu schit” (circa secolul al XVII-lea) aflate în pădurea Borosești de lângă satul Grajduri; o casă datând din 1910 și aflată în satul Pădureni; și biserica lui Cujbă (secolul al XVII-lea) din Poiana cu Cetate.
